Depuis le début des années 2010, la Suisse connait un renouvellement important de la population enseignante en raison du départ à la retraite de la génération des baby-boomers. Le risque de pénurie d'enseignants et plus généralement la question de l'adéquation formation et marché du travail préoccupent fortement les autorités scolaires. Cette préoccupation s’est accentuée en raison notamment de prises de position publiques, par le groupe professionnel, sur la perte d’attractivité des métiers de l’enseignement et une dégradation des conditions de travail. La présente contribution aborde la question de recherche suivante : qu’en est-il de l’impact d’un modèle de formation par l’emploi, introduit pour anticiper un risque de pénurie, sur les enjeux de professionnalisation des formations (Wittorski, 2008: Wentzel, Lussi Borer et Malet, 2015) ? Nous rendons compte ici de l’analyse comparée de deux programmes de formation par l’emploi dont le suivi scientifique a pu être réalisé grâce à différents types de recueils de données : questionnaires, entretiens, productions d’étudiants. La présentation des résultats portera sur la remise en question de certains fondements de la professionnalisation des formations, pour anticiper un risque de pénurie, au profit de nouveaux modèles et pratiques de développement professionnel des acteurs.